Gli utilizzi irregolari di un Carnet ATA possono essere di diverso tipo. Ad esempio, è possibile che uno o più "volets" non siano stati compilati e/o trattenuti dalle dogane competenti, oppure che una o più "souches" non siano state vidimate. Solitamente, se l'impresa esportatrice non è in grado di dare spiegazioni o di dimostrare, tramite i timbri apposti dalle dogane sulle souches del carnet, l'avvenuta riesportazione delle merci dal Paese estero, potrebbe rendersi necessario il pagamento dei diritti doganali dovuti alla dogana estera come se fosse avvenuta una esportazione definitiva, oppure la stessa potrebbe richiedere un importo per la regolarizzazione della pratica.
Il contenzioso internazionale viene seguito da Unioncamere Nazionale, con l'intervento delle Camere di Commercio competenti, cui si rivolgono le dogane estere per qualsiasi anomalia riscontrata.